Hola a todos, me habia olvidado de postear la solucion al problema
Use las funciones:
Código PHP:
<?
ob_flush();
flush();
exec('instrucciones bash hacia linux'); // esto es lo que demora unos segundos
?>
<script type="text/javascript">window.location='<?php echo $pagina; ?>';</script>
Con eso se solucionó.
Gracias a todos por su ayuda.
bye