El "$query" .. lo lanzas desde un formulario y/o URL? me refiero tal cual defines la varaiable $query="SELECT tal tal ta" ...
Si fuera así .. usa:
$query=stripslashes($query);
mas info:
<a href='ir.asp?http://www.php.net/manual/es/function.stripslashes.php' target='_blank'>http://www.php.net/manual/es/function.st...</a>
Un saludo,