A ver, el modo seguro no es nada más que una manera de solucionar el problema de los servidores compartidos en los que un programador malintencionado puede acceder a otros directorios del servidor y realizar acciones. Para evitar esto el safe_mode lo que hace es checar el propietario de los scripts php para saber si son "de buena procedencia" e inutilizar una serie de funciones de php cuyo mal uso puede ser susceptible de utilizarse para saltarse las restricciones o provocar cambio en el sistema... p.ej.
chdir()
chmode()
shell_exec()
exec()
system()
passthru()
popen()
mkdir()
El modo seguro en sí no es malo, ya que nos beneficia su "seguridad" y es necesario en los alojamientos compartidos... Lo que pasa es que muchas aplicaciones preprogramadas como joomla/oscommerce/wordpress necesitan de su inactivación momentánea y de ahí muchas veces surgen los problemas... basta con ponerlo en conocimiento de la empresa de hosting y ellos te pondran el safe_mode local en OFF
creo que aquí te quedará bastante claro:
http://nl.php.net/features.safe-mode