FAT16 no es especifica de Windows. La FAT16 se empleo desde los tiempos del MS-DOS.
El unico libro que conozco, que abarca ese tema (aunque mas especificamente la FAT12, que es la que emplean los diskettes), es "El Universo Digital del IBM PC, AT y PS/2" de Ciriaco Garcia de Celis, el cual esta disponible en linea:
http://atc.ugr.es/docencia/udigital/index.html
Especificamente en el capitulo 7:
http://atc.ugr.es/docencia/udigital/07.html#06
http://atc.ugr.es/docencia/udigital/07.html#0603