Es el problema de editar con esos formatos... Lo ideal es renombrar los archivos, y luego codificarlos a otro formato, digamos AVI, y así ya tendrás un archivo limpio, en un formato adecuado... Ya con eso no te debe dar problemas
Te recomiendo el TMPGEnc 4.0 para recodificar, va muy rápido y con buena calidad.