Sobre lo primero, no te se decir, no uso el Encore
Sobre lo segundo, intenta primero cambiar el formato de los videos, al parecer el Encore no puede hacerlo correctamente, si le das los videos en el formato adecuado le será más fácil...
El formato es mpeg-2 720x480 a 29.97 fps NTSC con audio en WAV o AC3