Como comentario final, he descubierto lo que realmente faltaba: paréntesis en el FROM.
Al aplicar la correción que me propuso Quim funcionó perfectamente, pero en verdad la primera consulta no estaba mal, sólo le faltaba encerrar entre paréntesis lo que estaba después del FROM y antes de los LEFT JOIN. Así, la consulta de esta forma:
Código:
SELECT `U`.`user_id` AS `authId`,
CONCAT(`U`.`nom`, ' ', `U`.`prenom`) AS `name`,
COUNT(`S`.`id`) AS `submissionCount`,
`S`.`title`,
MIN(`S`.`creation_date`)
FROM (`AcaDB`.`user` as `U`, `AcaDB`.`cours_user` as `CU`)
LEFT JOIN `No2008287`.`wrk_submission` AS `S` ON `S`.`user_id` = `U`.`user_id`
AND ( `S`.`assignment_id` = 1 OR `S`.`assignment_id` IS NULL )
AND `S`.`original_id` IS NULL WHERE `U`.`user_id` = `CU`.`user_id`
AND `CU`.`code_cours` = '2008287'
GROUP BY `U`.`user_id`
ORDER BY `CU`.`statut` ASC, `CU`.`tutor` DESC, `U`.`nom` ASC, `U`.`prenom` ASC
funciona sin problemas. Eso debe ser una exigencia de MySQL 5. A tenerlo en cuenta para consultas futuras.
Saludos.