Hola tuxit,
Lo mejor que puedes hacer es codificar tus archivos, a binario usando algun compilador, revisa este link:
http://www.swiftlytilting.com/2005/0...-exe-compiler/
Otra tarea seria crear Stored Procedures en tu Base de Datos, asi no pones lo que es la estructura de tu base de datos en tus archivos, si no solo llamas a los Stored Procedures en la base de datos.
Saludos.