si puedes utilizar un live CD te recomiendo este
http://www.ubcd4win.com/ tiene utilidades para el disco duro muy buenas.
en una ocacion usando partition magic mi novia se volo la particion oculta de su laptop y todo el disco duro lo reconocia como desconocido.
El Ultimate Boot cd(el del link de arriba) tiene una utilidad de Partition Manager que reconstruyo el MBR y la tabla de particiones luego con una utilidad tipo scandisk revizo y reparo el disco, esta muy completo e intuitiivo checalo y suerte.