Bhagat, sí que tenía los z-index asignados a ambos elementos. Lo único es que a ambos les había dado posicionamiento absoluto. De todas formas he probado a hacer igual, con los mismos z-index, pero que la capa del flash no sea absoluta (en realidad esa capa, llamada #flashYForm, engloba al flash y al pequeño formulario justo de debajo).
Sigue pasándome el error, y he hecho todo lo que dices.
