Ah, vale, pues en el caso de un include está claro.
O no lo habías especificado o no lo leí bien. 
Y no te funciona porque no lo estás poniendo bien. Tu código  
 Cita:  #empresa #botones-empresa #b-empresa a,
#body-noticias #botones-empresa #b-noticias a,
#diseno #botones-empresa #b-diseno a,
#calidad #botones-empresa #b-calidad a,
#novedades #botones-empresa #b-novedades a,
#contacto #botones-empresa #b-contacto a{
background-color: #8a7655;
color: #FFFFFF;
    Si miras tus enlaces: 
    <span><a id="b-empresa" href="empresa.php?opcion=empresa">Empresa</a></span>
    <span><a id="b-calidad" href="calidad.php?opcion=calidad">Calidad</a></span>    
verás que quien tiene el id b-empresa, por ejemplo, es el elemento "a", y con la css le estás diciendo que lo aplique a un "a" que esté dentro del id b-empresa. 
Corrígelo así: 
#empresa #botones-empresa #b-empresa,
#body-noticias #botones-empresa #b-noticias,
#diseno #botones-empresa #b-diseno,
#calidad #botones-empresa #b-calidad,
#novedades #botones-empresa #b-novedades,
#contacto #botones-empresa #b-contacto{
background-color: #8a7655;
color: #FFFFFF;  
Es decir, elimina las "a" finales y creo que te funconará. 
Mikel.