¿Qué software bajaste?
Si es un cliente FTP sólo tienes que poner el servidor de FTP, usuario y password, entrarás por FTP en el servidor y verás las carpetas del servidor remoto en un lado y las de tu PC en el otro, puedes copiar archivos entre ellas. Aquí tienes varios clientes FTP gratuitos:
http://www.softonic.com/windows/clientes-ftp-gratis