Hola,
tiene pinta de ser algún atributo margin o padding.
Te aconsejo que desactives todas las capas y las vayas activando una a una a ver cual es el error.
Para crear los css definitivos lo mejor (al menos para mi) es tener un CSS para todos los navegadores excepto IE y crear un css que sólo lea el IE y así corrijes los "fallos" de interpretación del IE.
Esto lo consigues poniendo
Código HTML:
<!--[if IE]>
<link rel="stylesheet" href="IE.css" type="text/css"/>
<![endif]-->
Una herramienta muy útil que te puede ayudar a detectar estos errores es el Plugin Web developer de Firefox. Es una barra que se añade al firefox y te permite ver las capas y los atributos sobre la web ya cargada en el navegador.
Espero te sea de ayuda.
Un saludo.