Puedes probar con algo como ésto:
Código:
var ifr = document.getElementById('idDelIframe');
ifr.style.left = (parseInt(ifr.style.left) + 500) + 'px';
ifr.style.top = (parseInt(ifr.style.top) + 500) + 'px';
En ésta página viene un ejemplo para
controlar el iframe con el ratón: