Perdona, te había entendido mal. Creía que querías mover el iFrame por la ventana que lo contenía.
Para mover una ventana a una posicion cualquiera se hace con window.scroll(X,Y) siendo X e Y las posiciones en pixels de alto y ancho.
...
Sin embargo para iFrames no funciona, al menos yo no se como hacerlo.
Lo único que se me ocurre es que el "src" que uses para el iFrame corresponda con la parte en concreto que quieres visualizar.
Ejemplo:
En la página del iframe debes poner algo así:
Código:
<a href="sitio1" style="position:absolute;left:500px;top:500px;">Pos1</a>
Y luego el iFrame lo usaría, tras el '#':
Código:
<iframe src="url_de_iframe#sitio1" height="200" width="200" scrolling="auto"/>