Probablemente es porque había puesto mal el código a utilizar en la página del iFrame. No es con un link normal, sino con un link que lleve el atributo "name", es lo que en ingés se llama "named anchor".
Vamos a suponer que el iFrame a cargar es: "http://www.iframe.com/pagina.html"; Pues bien, dentro de esa página debes incluir un link similar al siguiente:
Código:
<a name="posicion1" style="position:absolute;left:500px;top:500px;">Pos1</a>
El valor de dicho atributo "name" es el que hay que poner detras del simbolo '#' en el atributo "src" del iFrame (esto ya en la página que cargue dicho iFrame, claro):
Código:
<iframe src="http://www.iframe.com/pagina.html#posicion1" height="200" width="200" scrolling="auto"/>
De todas formas es solo una idea, es algo que nunca he probado, y siento no saber explicarlo mejor, la docencia no es lo mio.