IE se confunde porque tienes un tamaño fijo en el body. Quítale el tamaño fijo y los márgenes al body, y pónselo al wrapper. También tienes que quitarle el float al wrapper para que no se vaya a la izquierda:
Código HTML:
body {
font-size: 100.01%;
color: #464646;
background-color: #B1BABE;
font-family: Geneva, Arial, Helvetica, sans-serif;
background-image: url(../img/bg.jpg);
background-repeat: repeat;
}
#wrapper {
background-color: #B1BABE;
width: 775px;
margin-left: auto;
margin-right: auto;
}
tambien puedes quitar el "background-repeat: repeat;" del body ya que ese es la propiedad defecto.