juancruzmatar:
Si entendimos bien tu quieres servir el mismo "Document Root De Tu Sitio"
a dos sitios diferente.
Osea, sitio
www.tusitionumerouno.com responde a una pagina X.
sitio
www.tusutionumerodos.com responde a una pagina X.
Osea a la misma pagina!.
Si es asi, eso nada tiene que ver con FTP.
Simplemente direcciona los dos sitios hacia la misma IP
y ya esta.
Ahora al ingresar un usuario a un sitio o el otro, siempre
debera iniciarse con una index.html o index.php o index.shtml
de esa pagina de inicio podras enviar a cada sitio o a cada archivo que corresponda; todos los archivos de los dos sitios pueden
perfectamente estar en el mismo sitio siempre y cuando tengan nombres diferentes y el FTP servira para ambos.
Saludos
Y espero te ayude
Franco
P.S. Definitivamente se pueden cargar dos sitios diferentes en un mismo directorio o direccion FTP.