leer palabras desde un archivo a un arreglo de caracteres

[a2a2]

No se cuantas cosas tienes mal, pero la reserva de memoria no esta bien.
Estas reservando únicamente sitio para 4 bytes (u 8, depende del modelo de memoria), ya que tienes puesto: "sizeof(char*)".
Necesitarás más para la mayoria de los contenidos de "comando".
Supongo que la variable "ejecutar" es un array de punteros.
Puedes cambiarlo como un array de buffers de tamaño fijo, o seguir como vas (con memoria dinámica), pero haciendo el malloc con tamaños mayores, por ejemplo 300 bytes "a capón".