Código PHP:
$select="SELECT email, COUNT(email) AS NumOccurrences FROM clientes GROUP BY email HAVING ( COUNT(email) > 1 )";
$select=mysql_query($select);
while($row = mysql_fetch_array($select))
{
$delete="delete from clientes where email like '".$row['email']."' limit ".intval($row['NumOccurrences'])-1;
$delete=mysql_query($delete);
}
se me ocurre esto, que te parece?
solo valido para mysql, con limit le decimos que solamente haga x-1 veces ya que queremos que exista uno.
De todas formas si quieres que solo exista uno, ponlo como unique.