Código HTML:
<a href="#" onClick="document.getElementById('iframe').src='iframe.php?var=1';MM_showHideLayers('iframe','','sh ow','apDiv3','','hide' )">enlace a iframe
</a>
Con la primera funcion cambias el src del iframe y le pasas la variable y con la segunda la muestras.
Se podrian mezclar en una sola función pero creo que no seria bueno puesto que una hace una peticion al servidor y la segunda solo trabaja con el cliente.
No lo puedo probar pero creo que tiene que funcionar.
Quim