mmm... talvez algo como esto funcione:
Código PHP:
echo "<SCRIPT LANGUAGE = 'JavaScript'>";
echo "self.parent.location.href='" . $forwarding_url . "'; \n";
echo "</SCRIPT>";
Como ves ahi se crea un code snipped del javascript que se quiere ejecutar...
podrias modificar el "self.parent.location.href='" . $forwarding_url ." por algo como:
Código PHP:
echo "<SCRIPT LANGUAGE = 'JavaScript'>";
echo "nombreDeFuncion(parametros); \n";
echo "</SCRIPT>";