Hola,
es que tampoco das mucha informacion,
¿como subes dinamicamente varias imagenes?, vamos, que cual es el codigo.
y me imagino que seria dando posiciones distintas de (X,Y) y en esta linea
Código PHP:
$pdf->Image($uploadfile,0,0,100);
pasarle la posicion Y como una variable que vaya sumando los pixeles que necesitas que se separen las imagenes, vamos, es una idea, pero si enseñaras un poco del codigo que usas para cargar las imagenes, alguien te pueda indicar algo.
Un saludo