En si, no es que "desaparezca". Sencillamente el elemento <a> actua de la manera correcta (y aqui va la razon) puesto que predeterminadamente es un elemento de tipo "inline".
Dichos elementos no pueden contener relleno (padding) superior e inferior. Eso lo hacen los elementos de tipo block.
Recomendaciones:
1. Pasa tu elemento <a> a tipo block "display: block" si lo que deseas es darle relleno a los 4 lados.
2. Procura utilizar shorthands para que tu codigo sea mas liviano.
Ej. La siguiente linea:
padding-top:8px; padding-left:29px; padding-right:29px; padding-bottom:8px
Es lo mismo que escribir:
padding: 8px 29px;