En el archivo de configuracion.php deberás colocar las constantes para ubicar cada capa / paquete / directorio, y luego todo lo que necesite tu aplicación.
configuracion.php
Código PHP:
<?php
define('HOME',$_SERVER[DOCUMENT_ROOT]);
define('APLICA',HOME."/aplicacion");
define('DOM',APLICA."/dominio");
define('PRE',APLICA."/presentacion");
define('PER',APLICA."/persistencia");
?>
Lo de los configuracion.php en cada directorio es un pequeño truco para saltearte el problema de las invocaciones de PHP que cambian según desde donde las hagas.
Con el tema de los "namespace" de PHP, este tema debería quedar resuelto (hay que esperar que los servidores de hosting también actualicen sus versiones).