Hola Lutaj, si que se puede, document.write sirve para escribir en el html, el script que has puesto en el html vincula
Exactamente no se que codigo quieres escribir, pero por ejemplo si tienes una funcion que carga la imagen del banner con ponerlo en el js que enlazaste vale, solo que tendrias que añadir el nombre de la funcion para que se inicie, asi:
Código:
<!-- // Codigo en el html // -->
<script language="javascript" src="pruebaJS.js">pintaBanner()</script>
Cuenta si te sirve, un saludo.