Claro que soporta... tu pregunta que de aquí salen correas
El problema con el after es más por formatos raros, o fallos en efectos que por capacidad de hardware, si bien el efecto que vas a aplicar es algo pesado, el AE puede con eso tranquilamente... Ahora, existe el GridIron, que la verdad sí, le mete velocidad a los renders, pero si estas sobre el tiempo, mejor será probarlo después... Pero para que te sientas tranquilo, deja renderizando y luego de unos 40 minutos que veas que no pasa nada raro, ya lo dejas el tiempo que sea necesario, no fallará a menos que se encuentre con algún frame dañado, pero será un caso raro...
Pero no, de nuevo, AE n tiene problemas con la cantidad de tiempo... por eso lo tiene virtualmente ilimitado.