Y .. podras acceder al sistema Operativo para ejecutar un system() o un exec() ..? (en Hosting nu suelen dejar ejecutar estas funciones ..).
En tu hosting puedes crear cuentas de FTP? .. Ese seria lo mas rapido y facil .. Crear cuentas de FTP para tus usuarios asignandole directorio de trabajo y lo q llaman "quota" de disco q es eso mismo .. limitar el espacio asignado a un directorio.
El comando exacto (si lo hay) para establecer Quotas de directorios .. no lo conozco .. tal vez será mejor q lo preguntes en el foro de Sistemas operativos -> subforo Linux .. con ese comando prueba a ejecutarlo con un:
system("comando q te digan -parametros ..");
Y esperar que funcione ...
Un saludo,