Gracias por responder.
Bueno, ya yo había intentado esta forma, de ponerle los height's en %
Lo que sucede es que el header va a tener una imagen de bg pero si esta en porcentaje eso afectara un poco porque no podre establecerle la altura exacta y además, esta altura se verá afectada en las diferentes resoluciones que existan... ese es un problema bien grande!
Voy a seguir investigando a ver,
Saludos y gracias nuevamente.