Hola T4keOveR,
Prueba cambiar esto así:
Código PHP:
<?
include('admin/conect.php');
$sql = "SELECT * FROM afiliacion WHERE empresa LIKE '".$_GET['letra']."%'";
$sql_exec=mysql_query($sql) or die( "Error en $sql, error: " . $sql );
while($row=mysql_fetch_assoc($sql_exec)){
$empresa = $row['empresa'];
?>
Saludos.