Hola kirvinho
Lamento desilusionarte pero si lo que vas a usar es algun navegador como ie o mozilla y no queres que se vea tu codigo no lo vas a poder lograr
, alcanza con que el usuario seleccione la opcion "ver codigo fuente" para que se lo muestre...
Por otro lado si los usuarios no tienen la suficiente picardia como para ver si hay archivos ocultos, no creo que tengas nada de que preocuparte porque tampoco creo que puedan entender tu codigo...
Saludos