Hola agrv,
Yo hice cosas asi para la una web, trate de escapar el signo de esta forma \\?, me acabé dando cuenta de que no era totalmente correcto el funcionamiento.
El mode_rewrite del apache no hace uso lo que está después del signo ?, para hacer comparaciones y sustitución. Finalmente lo resolví ocupando RewriteCond y las variables predefinidas del servidor.
Creo que lo esto te puede servir para lo que deseas hacer.
RewriteCond %{QUERY_STRING} id=([\d]+)
RewriteRule ^((?:[\w-_]+)([\d]+))\.html$ seccion=$1&id=%1 [L]
QUERY_STRING es una variable predefinida y toma todo lo que va después del signo ?
para hacer referencia a ese subpatrón usamos %, es parecido al lo que hacemos con $ en el RewriteRule
?: es para que no capture el subpatron que está dentro de (?: <algo> )
Espero te sirva,
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