Hola,
lo que buscas se llama Floating Ads... es decir, Publicidad Flotante.
Definitivamente la mejor manera de hacerlo es utlizando un JS que cargue un Layer que contenga el .swf Es asi porque el parametro del .swf para fondo transparente solo funciona para IE, por eso primero el JS debe detectar si es IE o Netscape(u otro) y entonces coloca el layer si se trata del IE( en otras palabras si no es IExplorer no te sirve la publicidad :prohibido )
Otra manera de hacerlo(si el JS no es tu fuerte) es utilizar el Dreamweaver, puedes usar el Behavior para detectar el tipo de Explorador y asi redirijirlo a la pagina que contiene el .swf flotante. Esta page es simplemente tu pagina html y luego insertas un Layer sobre esta, colocas tu .swf dentro de este layer y le pones el parametro "fondo transparente". Luego solo utilizas el Timeline del DW si quieres que el layer aparezca de izq. a der. se mueva, etc. o sea darle algo de movimiento...
Una de las mejores compañias dedicadas e esto es Recmedia:
www.recmedia.com.au
si tienes suerte puedes tropezarte con los JS que ellos utilizan... ;)
Suerte.