no se puede, los comentarios condicionales (CC) solo los leen los IEs... lo que dice Mikmoro es lo correcto. Puedes usar ese CC para ocultar el iframe al ie6, así:
Código:
general.css
iframe{position:fixed}
ie6.css
iframe{position:absolute;}
o
iframe{display:none}
de toda forma puedes usar
un pequeño js para que el ie6 soporte position:fixed