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Iniciado por Mikmoro 
Antes de seguir mirando, comprueba que esto no tenga nada que ver: recuerda que IE6 no entiende el min-height que tienes puesto en #contenido #contenidocentro, de tal manera que para ese elemento, como no tienes puesto ningún height, para IE6 no tiene tamaño de alto.
Mikel.
Gracias Mikel.
He quitado el min-height para probar y nada sigue pasando, y es que no tengo ni idea de que puede ser, he revisado el codigo cientos de veces.