La explicación mediana:
creo que sea lo que sea que haya en esa caja, la opacidad le afectará a todos sus componentes, por lo tanto, la solución sería ponerle una posición relativa, poner el resto de componentes fuera de ella en otra caja, y con posición absoluta colocarlos sobre ella. Si en el flujo del documento esta segunda caja es posterior, no te debes preocupar por el z-index, ya que se colocarán encima de manera natural.
Mikel.