Ah! más claro ahora...
Veamos, hablas de exportar, pero no dices las configuraciones ... Por ejemplo, exportas del Vegas en 720x480 con un aspect ratio de 0.9... bien, creas una composición en AE con las mismas dimensiones y el aspecxt ratio de 0.9, ok, luego dices que exportas, pero no dices cómo exportas, porque tienes unas opciones de stretch, que te permiten asegurarte del tamaño del archivo, supongo exportas como viene por defecto que es sin compresión... intenta a hacerlo como formato DV que cuadra a la norma NTSC, el formato sin compresión puede hacerlo con aspect ratio de 1.0 y es donde te deforma el video. Así debe entrar al Vegas de manera correcta...
Otra, sobre el audio, AE es especialista en video, no así en audio, procura no manejar audio en el AE a menos que sea absolutamente necesario, mejor ocupa el audio original en el programa de edición.
Y no, AE no recolorea la imagen, depende el video de entrada el que la calidad pueda bajar un poco o dejarla igual, editar mpeg es frustrante por como cae la calidad, pero con AVI no pasa nada... Te recomiendo trabajar en formatos DV y no uncompressed, la calidad igual es excelente pero se mantiene dentro de una norma.