Es "ActiveX" que internet explorer te esta bloquendo es nada menos que la carga del SWF o la llamada que realiza Javascript al mismo (En el caso que hayas utilizado el PUBLISH en flash).
Esto sucedera solamente cuando carges la pagina en tu explorador de manera local.
Cuando esta implementada en un servidor, no deberia pasar...
No es lo mismo abrir un archivo asi:
file:///C:/Documents%20and%20Settings/usuario/Desktop/test.html
Que...
http://localhost/test.html
Lo que mas te recomiendo a la hora de desarollar, si no quieres ver este tipo de mensajitos en IE, es que instales un pequeño servidor en tu maquina (por ej: el Xammp Lite). Sino, simplemente visualiza estas paginas desde firefox y ya...
Espero haber sido claro y que te sirva...
Saludos