Desventajas? .. te lo puedes imaginar .. simplemente tiempo de proceso .. optimización ..
Recuerda que todo lo que puedas hacer en una sola consutla via SQL propio de la Base de datos (motor) q uses .. siempreee será mas optimo (rápido) q hacerlo entre BD+PHP ...
Para tu caso deberias usar tal vez .. sentencias SQL como LEFT JOIN, IN, y afines para simular subconsultas en Mysql .. A no ser que uses Mysql version 4 en adelante que ya soporta subconsultas clasicas.
Te dejó el tema de subconsultas de Mysql para q lo estudies:
http://www.mysql.com/doc/en/ANSI_diff_Sub-selects.html
Un saludo,