Ninguno. La idea de usar CSS externos es que cargan del lado del usuario por lo que es más rápido, y además de que puedes modificar varias páginas con un mismo estilo de forma más sencilla.
Claro, para casos como este en que solo modificas una parte pequeña del CSS, y a fuerza tiene una condición específica (Como este que debe ejecutarse desde PHP), creo que no hay ningún inconveniente mayor. Solo no olvides cargar tu CSS completo antes de este fragmento o este último podría sobreescribirlo si tienes alguna condición similar estática. ¡Suerte!
