puedes hacerlo con un DIV, un poco de javascript y otro poco de CSS
En el div colocas tu mensaje
<div class="popUp" onclick="cerrar();">mensaje aqui</div>
en el css le das la posicion al div
.popUp {la posicion deseada con un Zindex mayor al del resto,lo que le dara la apariencia de estar por encima de todo el contenido}
.popUpCerrado{visibility=hidden}
y con un javascript para poder "cerrar" el popUp
function cerrar(){this.classname = 'popupcerrado'}
Checa este link para sabe mas sobre la propiedad classname
http://www.w3schools.com/htmldom/prop_classname.asp
Con esto te la podrias arreglar.
saludos!
