El problema por el que los iconos a veces no se muestran, es por que deben ser iconos como tales, no imagenes con extensiones cambiadas, por lo que necesitas un programa especial para hacerlos.
Usa
favicon.cc, hasta el momento he visto que funciona perfecto. Solo no lo hagas como icono animado. Y solo tienes que agregarlo a tus favoritos para verlo si usas IE6 o menor. Suerte
