Hay que tener cuidado, las capas no se ven correctamente en todos los browsers.....(Netscape, Opera), principalmente por que a fin de cuentas el único HTML "sano" y que se vea bien siempre debiese ser el aprobado por W3C...., si?
Yo prefiero no usar capas para nada, sólo tablas.
Para efectos javascript, como el típico scroll de un imagen dentro de una capa puede ser, ya que no es tan relevante la ubicación de esa capa dentro de la pantalla, aunque esto también es relativo.
saludos