Lo que te está ocurriendo es que has eliminado un div porque seguramente pensaste que no era importante, pero lo es y mucho: <div class="corte"></div>
Debes colocarlo justo antes de terminar el contenedor, para hacerlo crecer y mantener la distancia con el pie. Vuelve a colocarlo aquí:
Cita: </div>
<div class="corte"></div>
</div>
<div id="pie">
Y de la misma manera, eliminaste el selector que le proporciona su efecto:
.corte {clear: both;padding-top: 4em;}
Vuelve a colocar eso en tu css y listo.
El asunto de que en IE6 aparezca el scroll, es porque has puesto en un pie de 25px una imagen de 25px, y eso IE6 lo lleva mal. Deberás hacerla más pequeña, o buscar otra solución.
Mikel.