Me autocontesto en caso de que a alguien le sea util. Lo use de una manera medio rebuscada, no se si será lo optimo.
Tengo 2 archivos, index.php e iframe.html
Como yo queria que al hacer click en los vinculos del iframe tuvieran accion sobre index.php, lo que hice fue hacer una llamada a la pagina contenedora del iframe y usar un target="_top"
Código HTML:
<a href="index?go=1&do=1" target="_top">Ir a...</a>
Salu2