Yo lo que suelo hacer es colocar en un array los tags html de los banners:
Código PHP:
$array_banners[0] = "<a href='loquesea' target='_blank'><img src='dondesea' alt='texto'></a>"
...
Y generar un número aleatorio $i que paso como índice al array:
Código PHP:
echo $array_banners[$i]
Puede que no sea la mejor solución del mundo pero para lo que yo lo uso me sirve perfectamente.
Un saludo,