Hola, Tienes que darle la forma que quieras al contenido de tu FLASH. Luego, en el HTML tienes que poner el objeto de FLASH con fondo transparente. Se pone de la siguiente forma:
En la etiqueta OBJECT:
<param name="wmode" value="transparent" />
En la etiqueta EMBED:
wmode="transparent"
Si no sabes muy bien de qué va todo esto, busca en GOOGLE por FLASH FONDO TRANSPARENTE, seguro que encuentras ejemplo bien claros.
Saludos