Uuuf! yo diría que eso es chungo de hacer, a mi novio que tb es diseñador gráfico, le pasó algo parecido queriendo superponer una lightbox (no se si sabes de que te hablo, ese programita para visualizar con ventanas superpuestas galerías de fotos una a una) y le costó mogollón arreglarlo.. para que un swf que tenía dentro de una tabla en el html no se le superpusiera.
De todos modos ya le preguntaré a ver como lo solucionó, porque diría que también usaba los niveles.
Por otro lado yo diría que esto debe ser desde html algo más sencillo, algo así como <a href="indexX.html" target="_blank"> eso si quieres que se te abra una ventana aparte,..luego_self o _parent, dentro el mismo index.html incial. Lo que no se seguro es como se cambia el tamaño de esa ventana, pero te aseguro que con target="_blank" se te abrirá en otra pestaña (que lo acabo de comprovar)