Oye no se por que siempre ando pensando en las versiones de action script, pero cual piensas usar?
No soy ningún experto en esto de flash, pero lo poco que se es que flash le manda a php variables y php le retorna a flash un archivo que puede ser XML, texto (no se cuales mas) y desde flash tu manipulas ese archivo a tu conveniencia. Realizas esta conexion cada vez que la necesites, depende de ti si con el archivo xml que obtienes desde el inicio ya no tienes que ejecutar mas veces el archivo php.
A menos que quieras utilizar una framework del tipo
amfphp para realizar la conexion y entonces si se supone que puedes manipular variables de php desde flash.
Me corrigen si estoy equivocado ya que como dije soy novato igual