Bueno, no es fácil. Con el código que muestras ni hay caja naranja, ni cajas amarillas, ni simulan columnas separadas entre sí, etc.
En fin, ue no se parece nada tu ejemplo visual a tu código.
Para evitar que el pie se ponga sobre las columnas, simplemente busca el final de la caja naranja (???), y añade un corte con <div class="corte"></div>, y ahora añade a tu css el selector:
.corte {clear: both;}